V r. 1926 se stal Heyrovský prvním profesorem fyzikální chemie na Karlově univerzitě. Zavedl několikasemestrový kurs přednášek a praktických cvičení z tohoto oboru a při tom se svými žáky dále rozvíjel výzkum polarografické metody.
Aby nové výsledky prací českých chemiků byly přístupné světové odborné veřejnosti, založil Heyrovský v r. 1929 se svým přítelem, profesorem chemie na pražské Vysoké škole technické E. Votočkem, časopis Collection of Czechoslovak Chemical Communications, který dodnes přináší sdělení o původních chemických výzkumech ve světových jazycích.
Z Heyrovského žáků, domácích i zahraničních, každý svým způsobem obohatil polarografickou metodu. Zejména D. Ilkovič, později přední slovenský fyzik, a R. Brdička, pozdější Heyrovského nástupce na univerzitě, pomohli postavit polarografii na přesné teoretické základy.